在试管婴儿过程周期中，最终预知失败，很大程度上和子宫内膜有关。也就是移植之后胚胎不能顺利在子宫内膜着床，这个情况不仅困扰着试管婴儿的医生，甚至对不孕症患者屡移屡败，除了金钱花费外，还对其身心有着很大的创伤。
那为什么植入的胚胎不能成功着床呢，一直是治疗不孕症的医生、生殖医学科学家及不孕相关从业人员极想知道及探讨的问题。下我们就来分析分析试管婴儿胚胎着床失败的原因：
一、子宫对接纳胚胎的能力下降
1.子宫发育异常
子宫构造异常，如：子宫先天发育畸形（双角子宫、子宫腔有中隔）、子宫内膜息肉、子宫内膜炎和子宫腔内肌瘤。
2.子宫内膜薄
曾多次怀孕流产，做过多次的刮宫术、月经不正常（持续月经来潮）或血液循环不好，都会造成子宫内膜薄。
3.子宫腔持续积水
输卵管水肿及不通会造成子宫腔积水，这是因为输卵管的积水因输卵管伞部（尾端）阻塞，造成输卵管内的积水往子宫腔流之故。持续性的子宫腔积水会造成胚胎着床失败。但多囊性卵巢症患者她们在接受排卵药物刺激之后，偶尔也会引起子宫腔积水，但不会造成着床不易（失败）的问题。
4.子宫内膜细胞分泌的黏着蛋白
子宫内膜细胞分泌的黏着蛋白的品质不好或是量不足或是子宫腔内某种细胞素的量太多或太少，都会影响胚胎的着床成功与否。
5.有自体免疫疾病或有血栓形成体质
有自体免疫疾病或有血栓形成体质和习惯性流产有关是不争的事实，但和胚胎重复着床失败是否有关联，目前还没有定论。
二、移植的胚胎本身有缺陷
1.夫妻双方染色体异常
夫妻染色体有异常会影响胚胎的发育，使胚胎长到某一阶段即会停止生长。妻子患有染色体异常，像染色体平衡对调、嵌合型染色体、染色体反向转位、染色体缺失、染色体断裂（尤其是断裂在染色体中央节部位时，即使年轻妇女做试管婴儿重复失败的机会也会较高）。有些精子稀少活动力不好的患者，将他们的精子做荧光抗体杂交检查精虫染色体数目是否正常，发现他们的精子染色体数目异常的比例会比精子数量正常及活动力正常者为高。
发现重复试管婴儿助孕失败的案例，胚胎染色体异常的比例高达60%，所以很多植入子宫内的胚胎着床失败是因为胚胎本身染色体异常所致。这些染色体异常的胚胎有时外表看起来细胞大小正常、分裂速度也正常且在胚胎分级上是属于一级或二级的优良胚胎。受术妇女年龄越大，胚胎不正常的机会也越大。
2.透明带相关
包围卵子的透明带，在卵子受精前和胚胎孵化着床前是用来保护卵子和胚胎。如果胚胎在体外培养过久，透明带会变厚及变硬；年纪大的妇女所排出的卵子其透明带也较厚。透明带太厚或太硬有可能会引起胚胎着床失败。
3.体外培养环境不好
体外培养环境不好，包括培养液不良、温度不当或操作技术欠佳，都可能损害胚胎，引起胚胎着床失败。
